Responsabile

Prof. Giuseppe Opocher

Descrizione

La linea di ricerca genomica oncologica e Big Data ha l’obiettivo di validare metodi e percorsi che consentano all’oncologo clinico di avere a disposizione, al momento della diagnosi, una visione molto dettagliata dell’assetto mutazionale della neoplasia, in altre parole le impronte molecolari del tumore. La disponibilità di tecniche di sequenziamento parallelo massivo (NGS) consentono all’Istituto Oncologico Veneto non solo di essere parte attiva del programma ACC Genomics avviato dalla rete nazionale degli IRCCS oncologici, ma anche di sviluppare e validare metodiche NGS per lo studio del DNA tumorale da biopsia liquida o cellule tumori circolanti.

Background

La nozione che il cancro è una malattia genetica o meglio una malattia dei geni ha portato al concetto che ogni tumore è caratterizzato da diverse mutazioni o combinazioni di mutazioni. Le acquisizioni in questo campo sono state sostenute da un’incredibile accelerazione nella disponibilità di tecnologia necessaria per l’analisi del DNA ed ora è possibile con poche centinaia di euro analizzare anche l’intero genoma di un tumore aprendo la strada ad un uso intensivo delle informazioni genetiche in oncologia. Infatti sono stati sviluppati diversi farmaci caratterizzati da un’attività condizionata dalla presenza di particolari mutazioni. La sfida che abbiamo davanti è quella di poter ottenere ed utilizzare un’informazione complessa come quella dell’analisi genomica del tumore per assicurare al paziente una terapia più efficace. E’ una sfida che IOV ha raccolto nell’ambito del programma ACC genomics, prodotto da Alleanza Contro il Cancro, la rete degli IRCCS oncologici.

Razionale

La disponibilità di una piattaforma tecnologica per l’analisi della genomica del tumore, strutturata a servizio per tutti i ricercatori dell’istituto, insieme alla presenza di significative conoscenze ed esperienza nel campo della genetica e di un vasto interesse da parte dei nostri oncologi clinici per questi aspetti sono le premesse indispensabili per programmare questa linea di ricerca.
Sarà possibile analizzare pannelli, ad esempio, comprensivi di tutte le mutazioni “actionable” verso le quali esistono o potranno esistere farmaci antitumorali e di tutte le varianti comunque in grado di condizionare efficacia e tollerabilità dei farmaci antitumorali. Questo consentirà la scelta delle terapie più utili per quel singolo tumore ma anche la partecipazione a protocolli terapeutici innovativi. L’analisi della genomica del tumore produrrà una rilevante quantità di dati ed un patrimonio informativo formidabile che richiederà specifiche metodologie di conservazione e trasmissione dei dati.

Obiettivi globali

  1. Creare e validare il percorso che dalla biopsia tumorale conduce all’utilizzo clinico dell’assetto mutazionale del tumore;
  2. validazione dell’utilizzo delle nuove piattaforme di ACC GENOMICS applicate allo studio di vari tumori, compresa la biopsia liquida;
  3. validare nuove piattaforme per acquisizione e scambio dei Big Data.

Risultati attesi

  • Mettere a disposizione dell’oncologo, in modo sistematico, l’assetto molecolare del tumore, in tempo utile per un provvedimento terapeutico mirato.
  • Disporre di uno strumento genomico per lo studio della biopsia liquida idoneo a svelare le modifiche mutazionali intercorrenti.
  • Disporre di nuove modalità di condivisone e trasferimento informatico di Big Data.
Top 15 pubblicazioni 2018 linea 3
TitoloAutoriRivistaIF grezzo
Cisplatin-based first-line treatment of elderly patients with advanced non-small-cell lung cancer: Joint analysis of MILES-3 and MILES-4 phase III trialsGridelli C., Morabito A., Cavanna L., Luciani A., Maione P., Bonanno Laura, Filipazzi V., Leo S., Cinieri S., Ciardiello F., Burgio M.A., Bilancia D., Cortinovis D., Rosetti F., Bianco R., Gebbia V., Artioli F., Bordonaro R., Fregoni V., Mencoboni M., Nelli F., Riccardi F., Di Isernia G., Costanzo R., Rocco G., Daniele G., Signoriello S., Piccirillo M.C., Gallo C., Perrone F.JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY26.36
Paragangliomas arise through an autonomous vasculo-angio-neurogenic program inhibited by imatinibVerginelli Fabio, Perconti Silvia, Vespa Simone, Schiavi Francesca, Prasad Sampath Chandra, Lanuti Paola, Cama Alessandro, Tramontana Lorenzo, Esposito Diana Liberata, Guarnieri Simone, Sheu Artenca, Pantalone Mattia Russel, Florio Rosalba, Morgano Annalisa, Rossi Cosmo, Bologna Giuseppina, Marchisio Marco, D'Argenio Andrea, taschin elisa, Visone Rosa, opocher giuseppe, Veronese Angelo, Paties Carlo T, Rajasekhar Vinagolu K, S¿¿derberg-Naucl¿¿r Cecilia, Sanna Mario, Lotti Lavinia Vittoria, Mariani-Costantini RenatoACTA NEUROPATHOLOGICA15.876
nab-Paclitaxel plus carboplatin or gemcitabine versus gemcitabine plus carboplatin as first-line treatment of patients with triple-negative metastatic breast cancer results from the tnAcity trialtnAcity investigators Gruppo, Yardley D A, Coleman R, Conte Pierfranco, Cortes J, Brufsky A, Shtivelband M, Young R, Bengala C, Ali H, Eakel J, Schneeweiss A, de la Cruz-Merino L, Wilks S, O'Shaughnessy J, Gl¿¿ck S, Li H, Miller J, Barton D, Harbeck NANNALS OF ONCOLOGY13.93
Pathologic Grading of Malignant Pleural Mesothelioma An Evidence-Based ProposalPelosi Giuseppe, Papotti Mauro, Righi Luisella, Rossi Giulio, Ferrero Stefano, Bosari Silvano, Calabrese Fiorella, Kern Izidor, Maisonneuve Patrick, Sonzogni Angelica, Albini Adriana, Harari Sergio, Barbieri Fausto, Capelletto Enrica, Catino Anna Maria, Cavone Domenica, De Palma Angela, Fusco Nicola, Lunardi Francesca, Maiorano Eugenio, Marzullo Andrea, Novello Silvia, Papanikolaou Nikolaos, Pasello Giulia, Pennella Antonio, Pezzuto Federica, Punzi Alessandra, Prisciandaro Elena, Rea Federico, Rosso Lorenzo, Scattone Anna, Serio GabriellaJournal of Thoracic Oncology10.34
Gain-of-function mutations in DNMT3A in patients with paragangliomaRemacha Laura, Curr¿¿s-Freixes Maria, Torres-Ruiz Ra¿¿l, Schiavi Francesca, Torres-P¿¿rez Rafael, Calsina Bruna, Let¿¿n Roc¿¿o, Comino-M¿¿ndez I¿¿aki, Rold¿¿n-Romero Juan M, Montero-Conde Cristina, Santos Mar¿¿a, P¿¿rez Luc¿¿a Inglada, Pita Guillermo, Alonso Mar¿¿a R, Honrado Emiliano, Pedrinaci Susana, Crespo-Facorro Benedicto, Percesepe Antonio, Falcioni Maurizio, Rodr¿¿guez-Perales Sandra, Korpershoek Esther, Ram¿¿n-Maiques Santiago, opocher giuseppe, Rodr¿¿guez-Antona Cristina, Robledo Mercedes, Casc¿¿n AlbertoGENETICS IN MEDICINE9.937
Single tube liquid biopsy for advanced non-small cell lung cancerde Wit Sanne, Rossi Elisabetta, Weber Sabrina, Tamminga Menno, Manicone Mariangela, Swennenhuis Joost F, Groothuis-Oudshoorn Catharina G M, Vidotto Riccardo, Facchinetti Antonella, Zeune Leonie L, Schuuring Ed, Zamarchi Rita, Hiltermann T Jeroen N, Speicher Michael R, Heitzer Ellen, Terstappen Leon W M M, Groen Harry J MINTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER7.36
Toward a real liquid biopsy in metastatic breast and prostate cancer Diagnostic LeukApheresis increases CTC yields in a European prospective multicenter study (CTCTrap)Andree Kiki C, Mentink Anouk, Zeune Leonie L, Terstappen Leon W M M, Stoecklein Nikolas H, Neves Rui P, Driemel Christiane, Lampignano Rita, Yang Liwen, Neubauer Hans, Fehm Tanja, Fischer Johannes C, Rossi Elisabetta, Manicone Mariangela, Basso Umberto, Marson Piero, Zamarchi Rita, Loriot Yohann, Lapierre Valerie, Faugeroux Vincent, Oulhen Marianne, Farace Fran¿¿oise, Fowler Gemma, Sousa Fontes Mariane, Ebbs Berni, Lambros Maryou, Crespo Mateus, Flohr Penny, de Bono Johann SINTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER7.36
Prevalence of ALK gene alterations among the spectrum of plexiform spitzoid lesionsSaraggi Deborah, Salmaso Roberto, ZAMUNER CAROLINA, Munari Giada, Lanza Cristiano, Alaibac Mauro Salvatore, Bassetto Franco, Rugge Massimo, montesco maria, Cerroni Lorenzo, Fassan MatteoJOURNAL OF THE AMERICAN ACADEMY OF DERMATOLOGY6.898
BRAF gene copy number and mutant allele frequency correlate with time to progression in metastatic melanoma patients treated with MAPK inhibitorsStagni Camilla, ZAMUNER CAROLINA, Elefanti Lisa, Zanin Tiziana, Del Bianco Paola, Sommariva Antonio, Fabozzi Alessio, Pigozzo Jacopo, mocellin simone, montesco maria, chiarion sileni vanna, De Nicolo Arcangela, Menin ChiaraMOLECULAR CANCER THERAPEUTICS5.365
Preventive medicine of von Hippel-Lindau disease-associated pancreatic neuroendocrine tumorsKrauss Tobias, FERRARA ALFONSO MASSIMILIANO, Links Thera P, Wellner Ulrich, Bancos Irina, Kvachenyuk Andrey, Villar G¿¿mez de Las Heras Karina, Yukina Marina Y, Petrov Roman, Bullivant Garrett, von Duecker Laura, Jadhav Swati, Ploeckinger Ursula, Welin Staffan, Schalin-J¿¿ntti Camilla, Gimm Oliver, Pfeifer Marija, Ngeow Joanne, Hasse-Lazar Kornelia, Sans¿¿ Gabriela, Qi Xiaoping, Ugurlu M Umit, Diaz Rene E, Wohllk Nelson, Peczkowska Mariola, Aberle Jens, Louren¿¿o Delmar M, Pereira Maria A A, Fragoso Maria C B V, Hoff Ana O, Almeida Madson Q, Violante Alice H D, Quidute Ana R P, Zhang Zhewei, Recasens M¿¿nica, D¿¿az Luis Robles, Kunavisarut Tada, Wannachalee Taweesak, Sirinvaravong Sirinart, Jonasch Eric, Grozinsky-Glasberg Simona, Fraenkel Merav, Beltsevich Dmitry, Egorov Viacheslav I, Bausch Dirk, Schott Matthias, Tiling Nikolaus, Pennelli Gianmaria, Zschiedrich Stefan, D¿¿rr Roland, Ruf Juri, Denecke Timm, Link Karl-Heinrich, Zovato Stefania, von Dobschuetz Ernst, Yaremchuk Svetlana, Amthauer Holger, Makay ¿¿zer, Patocs Attila, Walz Martin K, Huber Tobias B, Seufert Jochen, Hellman Per, Kim Raymond H, Kuchinskaya Ekaterina, Schiavi Francesca, Malinoc Angelica, Reisch Nicole, Jarzab Barbara, Barontini Marta, Januszewicz Andrzej, Shah Nalini, Young William F, opocher giuseppe, Eng Charis, Neumann Hartmut P H, Bausch BirkeENDOCRINE-RELATED CANCER5.331
65 YEARS OF THE DOUBLE HELIX Genetics informs precision practice in the diagnosis and management of pheochromocytomaNeumann Hartmut P, Young William F, Krauss Tobias, Bayley Jean-Pierre, Schiavi Francesca, opocher giuseppe, Boedeker Carsten C, Tirosh Amit, Castinetti Frederic, Ruf Juri, Beltsevich Dmitry, Walz Martin, Groeben Harald-Thomas, von Dobschuetz Ernst, Gimm Oliver, Wohllk Nelson, Pfeifer Marija, Louren¿¿o Delmar M, Peczkowska Mariola, Patocs Attila, Ngeow Joanne, Makay ¿¿zer, Shah Nalini S, Tischler Arthur, Leijon Helena, Pennelli Gianmaria, Villar G¿¿mez de Las Heras Karina, Links Thera P, Bausch Birke, Eng CharisENDOCRINE-RELATED CANCER5.331
Therapeutic perspectives for brain metastases in non-oncogene addicted non-small cell lung cancer (NSCLC) Towards a less dismal future?Frega Stefano, Bonanno Laura, Guarneri Valentina, Conte Pierfranco, Pasello GiuliaCRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY4.495
Activity of EGFR TKIs in Caucasian Patients With NSCLC Harboring Potentially Sensitive Uncommon EGFR MutationsPassaro A., Prelaj A., Bonanno Laura, Tiseo M., Tuzi A., Proto C., Chiari R., Rocco D., Genova C., Sini C., Cortinovis D., Pilotto S., Landi L., Bennati C., Camerini A., Toschi L., Putzu C., Cerea G., Spitaleri G., Cappuzzo F., de Marinis F.Clinical Lung Cancer4.204
RELEVENT Trial Phase II Trial of Ramucirumab, Carboplatin, and Paclitaxel in Previously Untreated Thymic Carcinoma/B3 Thymoma With Area of CarcinomaImbimbo Martina, Vitali Milena, Fabbri Alessandra, Ottaviano Margaret, Pasello Giulia, Petrini Iacopo, Palmieri Giovannella, Berardi Rossana, Zucali Paolo, Ganzinelli Monica, Marabese Mirko, Broggini Massimo, Marino Mirella, Trama Annalisa, Rulli Eliana, Hollander Lital, Pruneri Giancarlo, Torri Valter, Garassino Marina ChiaraClinical Lung Cancer4.204
An Italian Delphi study to evaluate consensus on adjuvant endocrine therapy in premenopausal patients with breast cancer: the ERA projectPelizzari Giacomo, Arpino Grazia, Biganzoli Laura, Cinieri Saverio, De Laurentiis Michelino, Di Leo Angelo, Guarneri Valentina, Marchetti P, Puglisi FBMC CANCER3.288

Fonte: Biblioteca scientifica IOV